Emil Egner wurde am 30. Januar 1882 geboren. Als Priester der Diözese Košice wurde er am 21. Dezember 1905 in Košice zum Priester geweiht. Seinen pastoralen Dienst begann er als Hilfspfarrer in Monok, Léhen und im Dom von Košice.
Am 3. August 1910 kam er in die Vereinigten Staaten, wo er in den ungarisch-katholischen Gemeinden in Ohio, Pennsylvania und New Jersey tätig war. Er wirkte in Cleveland und Lorain und war anschließend längere Zeit als Seelsorger im Missionsbezirk Fairport–Portage tätig. Später übte er seinen priesterlichen Dienst in Windber und Elizabeth aus.
Als Mitglied des frühen Netzwerks ungarisch-römisch-katholischer Seelsorger in den USA war er vor allem in ungarischen Einwanderergemeinden tätig.
Er verstarb am 31. Juli 1959 in Elizabeth im Bundesstaat New Jersey.